，計算香農(nóng)指數(shù)(Shannon)和辛普森指數(shù)(Simpson)并制作飽和曲線. 最后選取代表克隆運用Blast程序與GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中進行相似性搜索并下載相似性最高的序列和相似性較高的已知種屬的序列. 將所有序列用BioEdit中的ClustalW程序進行比對，并用MEGA 4.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹.

　　1.8 序列登錄號

　　將本研究中所得序列提交至GenBank中

，細(xì)菌16S rDNA的序列登錄號為KF863913-KF863952，KF924200-KF924205; 古菌16S rDNA的序列登錄號為KF918278-KF918306; 氨氧化古菌amoA的序列登錄號為KF916687-KF916696.

　　2 結(jié)果與分析

　　2.1 AODC結(jié)果與理化分析

　　所采集土壤樣品的部分物理化學(xué)參數(shù)見表 1. 樣品酸性很強

，pHKCl僅為2.83. 總有機碳含量為0.675%，低于農(nóng)田和森林土壤TOC平均含量[23,24]; 含水率為9.5%; 土壤微生物豐度為3.1×108 個 ·g-1; NH+4-N和NO-3-N含量分別為7.6 mg ·kg-1、 3.1 mg ·kg-1. 經(jīng)測得樣品中有效金屬含量很高，其中Al含量最高達1 380.3 mg ·kg-1，F(xiàn)e含量高達57.0 mg ·kg-1. SO2-4含量高達2 168.0 mg ·kg-1.

　　表 1 土壤樣品的部分化學(xué)參數(shù)

　　2.2 飽和度及多樣性指數(shù)分析

　　經(jīng)測序細(xì)菌文庫共獲得103條序列

，去除載體和嵌合體后有效序列為95條; 古細(xì)菌與氨氧化古菌文庫分別得到28條和39條有效序列. 3個文庫的飽和曲線如圖 1所示，3個文庫飽和曲線均趨于平緩，可以比較完整地反映樣品中細(xì)菌、 古菌和氨氧化古菌群落結(jié)構(gòu). 從香農(nóng)指數(shù)(Shannon)和辛普森指數(shù)(Simpson)可以看出該樣品中細(xì)菌的多樣性高于古菌(表 2).

　　圖1 細(xì)菌

、 古菌和氨氧化古菌飽和度曲線

　　表 2 細(xì)菌

、 古菌以及氨氧化古菌克隆文庫多樣性指數(shù)

　　2.3 土壤中細(xì)菌、 古菌以及氨氧化古菌多樣性以及系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析 2.3.1 細(xì)菌多樣性以及系統(tǒng)發(fā)育分析

　　將每種基因型的序列輸入RDP網(wǎng)站

，得到該基因型所屬的系統(tǒng)發(fā)育類群. 結(jié)果顯示，細(xì)菌文庫中包含了11個類群(如圖 2)，其中所占比例最大的3個類群分別為Acidobacteria(47.4%)、 Verrucomicrobia(18.9%)、 Chloroflexi(10.5%).

　　圖 2 細(xì)菌文庫中各類群所占比例

　　經(jīng)NCBI數(shù)據(jù)庫中Blast程序比對分析后

，選取主要克隆進行比對，發(fā)現(xiàn)與該礦區(qū)土壤樣品中細(xì)菌親緣關(guān)系較近的克隆均來自于一些酸性環(huán)境中，如某些礦區(qū)酸性土壤、 酸性濕地底泥、 酸性紅壤和酸性礦山廢水等，或者植被根際等.

　　本研究中酸桿菌門是所占比例最高的門類

，在文庫中豐度達47.4%. 酸桿菌門細(xì)菌在環(huán)境中分布廣泛